套利交易的特点之一就是风险相对较低，但是低风险并不代表没有风险。股指期货套利交易也存在相应的风险。通过与其他期货套利交易的比较，股指期货套利交易的风险主要有如下几点：

1.流动性风险

目前市场上也有跟踪股指的基金，比如嘉实泸深300指数基金，以这样的基金替代现货指数在理论是可行的。但是这种方法在操作上较为复杂，而且运用指数跟踪型基金还存在流动性风险，嘉实泸深300指数基金目前的日成交量就很低。缺少流动性将对套利交易产生致命的风险。

2.股指期货合约的定价风险

股指期货合约的价格是进行股指期货套利交易的判断基础。但是股指期货合约的定价存在不确定性，这会给套利交易带来很大风险。目前看来，泸深300指数的定价风险主要来自于两方面：

(1)现货指数运行存在不稳定性。首先，股权分置改革尚未全部完成，股权分置对于沪深300指数的影响还未体现。

(2)股息发放的不确定性。相关实证研究表明，我国上市公司并不倾向发放现金红利，而且红利发放频率时间分布不均匀。这会造成股指股息率的不稳定性。

除了以上两点，还存在融资利率不一和税制不确定等风险。

3.政策风险

对于股指期货的套利交易，政策环境是最难以控制的风险。政策风险主要来自于三方面：

(1)汇率风险。我国外汇政策的市场化趋势日益明显，人民币与世界各主要货币的汇率波动性也在增大。不能有效规避汇率风险将直接导致套利交易的失败。

(2)资金流动风险。目前，我国对于资本项目下的资金流动尚未自由化。而套利必然涉及到两个市场间资金的流动，如果不能有效解决这一问题，将导致套利者不得不在两个市场都准备足够的资金以防止短期的价格风险的状况，这将导致套利交易资金的使用效率大打折扣。

⑶不同股指期货产品所在市场的内部经济政策风险。每个国家都有自己的经济政策，不同经济政策的实行将在短时间内给股指期货套利交易某一单边头寸縣巨大的风险。如何应对这种风险是对于投资者市场研判能力的极大挑战。